Kauno miesto savivaldybė, įgyvendindama Valstybinės švietimo strategijos 2003-2012 m. programą, vykdo mokyklų tinklo pertvarką, kuria siekiama užtikrinti kokybišką ugdymo proceso organizavimą bei racionalų savivaldybės ir valstybės lėšų naudojimą.
Keičiantis mokyklų struktūrai, unikalūs miesto mokyklų istorinio paveldo pastatai bus išsaugoti, nes paveldas turi ne tik išliekamąją istorinę, bet ir dabarties jaunimui didžiulę ugdomąją vertę.
Kauno miesto savivaldybės taryba 2008 m. gegužės 8 d. patvirtino Savivaldybės bendrojo lavinimo mokyklų steigimo, reorganizavimo, vidaus struktūros pertvarkymo ir pertvarkos 2008-2012 metų priemonių planą, kuriame numatyta visas Kauno miesto vidurines mokyklas pertvarkyti į pagrindines mokyklas ir akredituotas gimnazijas. 2012 m. pertvarkos procesas turi būti baigtas.
Dėl nepakankamo mokinių skaičiaus klasėse Savivaldybės taryba 2009-2010 m. m. nusprendė nekomplektuoti vienuoliktųjų klasių kai kuriose vidurinėse mokyklos, tarp jų – ir Vaižganto vidurinėje mokykloje. Mieste esančių pagrindinių mokyklų tinklą dėl mažėjančio mokinių skaičiaus nuo 2009 m. rugsėjo 1 d. papildė Vydūno pagrindinė mokykla bei Radvilėnų vidurinė mokykla, kuri pakeitė pavadinimą ir tapo Jono Žemaičio-Vytauto pagrindine mokykla.
Pagrindinio ugdymo programą baigusiems mokiniams vidurinio ugdymo programos tęstinumas numatomas mieste esančiose gimnazijose. Jose jau keleri metai nekomplektuojamos penktos klasės, o 2010 m. gimnazijų gryninimo procesas bus baigtas.
Jono Basanavičiaus ir Antano Smetonos vidurinės mokyklos pradėtos pertvarkyti į keturmetes gimnazijas, todėl jau nuo 2009 m. rugsėjo 1 d. jos nebekomplektavo penktųjų klasių ir rengiasi vidurinio ugdymo programos akreditacijai.
Pažymėtina, kad optimizuotas mokyklų tinklas nekelia grėsmės mokyklose nusistovėjusioms tradicijoms. Keičiantis mokyklos statusui sudaromos visos sąlygos išsaugoti mokyklų tradicijas ir istorinį paveldą.
